今天，分享一篇“小柯”秀，希望以下“小柯”秀的内容对您有用。
《细胞》
科学家发现反映攻击性的下丘脑神经元
美国斯坦福大学Nirao M. Shah课题组研究发现了反映攻击性的下丘脑神经元。相关成果2月15日发表于《细胞》。
社会交流需要认识和理解他人的行为。镜像神经元（代表自我和他人行为的细胞）被认为是认知基质的组成部分，它也使这种意识和理解成为可能。灵长类动物大脑皮层的镜像神经元代表熟练的运动任务，但目前尚不清楚它们是否对其体现的行为至关重要、是否能实现社会行为，或是否存在于非皮层区域。
研究人员证明了个体VMHvlPR神经元在小鼠下丘脑的活动，促使它出现攻击行为。研究人员用一种基因编码的镜像陷阱策略，从功能上研究了这些攻击镜像神经元。发现它们的活动对战斗至关重要，这些细胞的强制激活会引发小鼠的攻击性表现，甚至对自己的镜像进行攻击。研究人员发现在演化中一个古老的区域，它提供了对社会行为至关重要的皮层下认知基底。
相关论文信息：
https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.01.022
《自然-生物技术》
新算法预测人体肠道微生物群代谢途径
美国斯坦福大学Dylan Dodd、Michael A. Fischbach和荷兰瓦赫宁根大学Marnix H. Medema共同合作，研究开发了gutSMASH算法，可以预测人体肠道微生物群的特化初级代谢途径。相关成果2月13日在线发表于《自然-生物技术》。
肠道微生物群产生数百个小分子，其中许多可调节宿主生理活动。尽管研究人员已努力确定次级代谢产物的生物合成基因，但肠道微生物组的化学输出主要由初级代谢产物组成。
研究人员介绍了用于识别初级代谢基因簇的gutSMASH算法，并使用它系统地描述了肠道微生物组代谢，在4240个高质量微生物基因组中识别了19890个基因簇。研究人员发现之间的路径分布存在显著差异，反映了不同的能量捕获策略。这些数据解释了短链脂肪酸生产的分类差异，并提出了每个分类单元的特征代谢生态位。对荷兰人群队列中1135名个体的分析表明，血浆和粪便中微生物组来源的代谢产物水平几乎与相应代谢基因的宏基因组丰度完全无关，这表明了通路特异性基因调节和代谢产物通量的关键作用。
这项工作是理解细菌分类群对微生物组化学作用作出贡献的基础。
相关论文信息：
https://doi.org/10.1038/s41587-023-01675-1
合成与生物数据集解析分化轨迹
以色列耶路撒冷希伯来大学Mor Nitza、美国麻省理工学院和哈佛大学布罗德研究所Aviv Regev与Johanna Klughammer合作开发了TACCO算法，统一了单细胞和空间组学的细胞身份的注释传递和分解。相关成果2月16日在线发表于《自然-生物技术》。
由于技术限制（如低空间分辨率或高漏失率）和生物变化（如细胞状态的连续光谱），转移单细胞、空间和多组学数据的注释通常具有挑战性。
基于这些数据通常最好描述为细胞或分子的连续混合物这一概念，研究人员提出一种将注释传递到细胞及其组合（TACCO）的计算框架，该框架由一个最优传输模型组成，该模型扩展了不同的包装，以注释各种数据。研究人员应用TACCO识别细胞类型和状态，在细胞和分子水平上破译空间分子组织结构，并使用合成和生物数据集解析分化轨迹。
在匹配或超过单个任务专用工具精度的同时，TACCO将计算需求降低了一个数量级，并扩展到更大的数据集（例如，考虑到注释传输的运行时间为1M个模拟漏失观测）。
相关论文信息：
https://doi.org/10.1038/s41587-023-01657-3
科学家实现二倍染色体组装
美国国立卫生研究院Sergey Koren和Adam M. Phillippy合作，利用Verkko实现了二倍染色体组的telomere-to-telomere组装。相关成果2月16日在线发表于《自然-生物技术》。
Telomere-to-Telomere联合体最近组装了第一个真正完整的人类基因组序列。为了解决最复杂的重复，该项目依赖于将超长牛津纳米孔测序与长而准确的高分辨率组装图进行人工集成。
研究人员改进并优化了这一策略，Verkko是一条基于图形的迭代流水线，用于组装完整的二倍体基因组。Verkko通过整合超长读数和单倍型特异性标记逐步简化该图形。结果是两种单倍型的阶段性二倍体组装，许多染色体从端粒自动组装到端粒。在HG002人类基因组上运行Verkko导致46条二倍体染色体中的20条无缝隙组装，准确率为99.9997%。
相关论文信息：
https://doi.org/10.1038/s41587-023-01662-6
